Výzkum na Lékařské fakultě v Plzni je soustředěn převážně v jejím specializovaném pracovišti – Biomedicínském centru. Zaměřuje se na problematiku problematiku infekčních onemocnění (sepse, antibiotická rezistence bakterií, profylaxe virové infekce v transplantologii), onkologickou problematiku ve spojení s experimentální chirurgií, biokompatibilitu materiálů, problematiku kmenových buněk, neurodegenerativních onemocnění či reprodukční medicínu.

Fakulta je aktivní ve dvanácti medicínských vědních oblastech programu institucionální podpory na Univerzitě Karlově „Cooperatio“: Cardiovascular Science, Dental Medicine, Immunity, Medical Microbiology and Infection, Intensive Care Medicine, Internal Disciplines, Maternal and Childhood Care, Medical Diagnostics and Basic Medical Sciences, Neurosciences, Oncology and Haematology, Pediatrics, Pharmaceutical Sciences a Surgical Disciplines.

Biomedicínské centrum

Biomedicínské centrum je součástí LFP. Na rozdíl od ostatních ústavů a klinik, poskytujících výuku medikům, je Biomedicínské centrum zaměřené výhradně na výzkum. V této specializaci se jedná o unikátní pracoviště v západočeském regionu.

Lékařská fakulta Plzeň – Biomedicínské centrum

Více o Biomedicínském centru

Projekty a granty

Výzkum na fakultě je financován z mnoha zdrojů. Prostřednictvím grantových projektů využívá fakulta k financování výzkumu resortní programy vybraných ministerstev, grantové agentury i dotační programy Evropské unie. Zde uvádíme přehled aktuálně realizovaných vědeckých projektů na LFP.

Vzdělávání multidisciplinárního česko-bavorského studentského týmu v neurorehabilitaci (NEURO)

Program INTERREG Bavorsko – Česká republika 2021-2027. Spolufinancováno Evropskou unií. Realizace je podpořena prostředky z Evropského fondu pro regionální rozvoj (80 %) a státního rozpočtu České republiky (10 %).  

Doba realizace: 01.09.2023 – 30.06.2026 – číslo projektu BYCZ01-038_NEURO.
V celém světě je kladen důraz na fyzickou rehabilitaci pacientů po cévní mozkové příhodě (iktu, též CMP) a v této oblasti je i vzdělání terapeutů na vysoké úrovni. Významně horší situace je ve vzdělání terapeutů v oblasti tzv. neurorehabilitace (koordinovaná rehabilitace pacientů po poškození mozku a míchy s cílem minimalizování a/nebo kompenzace funkčních změn z toho plynoucích). Vzhledem k tomu, že cévní mozková příhoda je celosvětově druhou nejčastější příčinou úmrtí a jednou z hlavních příčin invalidity, je společná výzva zlepšit rozšíření vzdělávací přeshraniční nabídky v oboru neurorehabilitace zcela aktuální.

Projekt NEURO je zaměřen na vzdělávání multidisciplinárního česko-bavorského studentského týmu v neurorehabilitaci cévní mozkové příhody složeného z klíčových partnerů Fakulty zdravotnických studií Západočeské univerzity v Plzni, Lékařské fakulty v Plzni, Univerzity Karlovy a Fakulty aplikovaných sociálních a zdravotnických věd Ostbayerische Technische Hochschule Regensburg, se kterou ZČU v Plzni již dlouhodobě intenzivně přeshraničně spolupracuje. V rámci projektu bude ZČU v Plzni seznamovat partnery se svým unikátním přístupem diagnostiky kognitivních poruch (poruchy poznání jako paměť, myšlení, orientace v prostoru, schopnost soustředit se), který tak umožňuje zajistit vhodnou rehabilitační léčbu pacientům po cévní mozkové příhodě dle aktuálních medicínských trendů.

Tým studentů povedou zkušení učitelé zmíněných pracovišť. Cílem projektu je zlepšení výuky neurorehabilitace u pacientů po ischemické i krvácivé cévní mozkové příhodě se zaměřením na interregionální výměně informací a zkušeností.

Úkolem LF UK je zajistit výměnu dat a zkušeností mezi klinickými obory a výukou studentů v oboru neurorehabilitace. Studenti LF UK budou pomáhat s výběrem vhodných pacientů po iktu s ukončenou akutní léčbou. Dále se budou aktivně účastnit vzdělávání studentů ZČU v neurologické diagnostice a zpracování dat.

Prevence poruch pánevního dna 3PD

Program INTERREG Bavaria – Czech Republic 2021-2027. Co-funded by the European Union. The implementation is supported by funds from the European Regional Development Fund (80%) and the national budget of the Czech Republic (10%).  01.07.2023 – 30.06.2026 – project number BYCZ01-014_3PD.

Cooperation:

New Technologies – Research Centre UWB (research team HBM), Ladislav Sutnar Faculty of Design and Art UWB, Faculty of Medicine in Plzeň, Charles University, Biomedical Center of the Faculty of Medicine in Plzeň, OTH Regensburg

Goals:

The Bavarian-Czech border region suffers from an uneven distribution of medical and therapeutic care concentrated in large cities. Different procedures and standards of care in both regions require cross-border cooperation of an interdisciplinary team of doctors, therapists, engineers and designers in the field of healthcare. The project aims to increase awareness and develop personalized and effective prevention of pelvic floor disorders, which up to 40% of women will encounter during their lifetime. The project primarily focuses on healthy women aged 18–45. Other target groups include students of medicine, healthcare studies and industrial design, teachers and educators, physiotherapists and gynecologists, research and educational organizations and small and medium-sized enterprises. The goal of the project is the development and implementation of a modular non-invasive system for the prevention of pelvic floor disorders in order to improve individual quality of life and reduce the burden on the healthcare system. The developed technology will be presented to the target groups as a functional prototype.

Program INTERREG Bavorsko – Česká republika 2021-2027. Spolufinancováno Evropskou unií. Realizace je podpořena prostředky z Evropského fondu pro regionální rozvoj (80 %) a státního rozpočtu České republiky (10 %).  01.07.2023 – 30.06.2026 – číslo projektu BYCZ01-014_3PD.

Spolupráce:

Nové technologie – Výzkumné centrum UWB (výzkumný tým HBM), Fakulta designu a umění Ladislava Sutnara UWB, Lékařská fakulta v Plzni, Univerzita Karlova, Biomedicínské centrum Lékařské fakulty v Plzni, OTH Regensburg

Cíle:

Bavorsko-český příhraniční region trpí nerovnoměrným rozložením lékařské a léčebné péče soustředěné do velkých měst. Rozdílné postupy a standardy péče v obou regionech vyžadují přeshraniční spolupráci mezioborového týmu lékařů, terapeutů, inženýrů a projektantů v oblasti zdravotní péče. Cílem projektu je zvýšit informovanost a vyvinout individuální a účinnou prevenci poruch pánevního dna, s nimiž se během života setká až 40 % žen. Projekt se zaměřuje především na zdravé ženy ve věku 18-45 let. Dalšími cílovými skupinami jsou studenti medicíny, zdravotnických studií a průmyslového designu, učitelé a vychovatelé, fyzioterapeuti a gynekologové, výzkumné a vzdělávací organizace a malé a střední podniky. Cílem projektu je vývoj a zavedení modulárního neinvazivního systému pro prevenci poruch pánevního dna s cílem zlepšit kvalitu života jednotlivců a snížit zátěž zdravotnického systému. Vyvinutá technologie bude představena cílovým skupinám jako funkční prototyp.

Projekt AI-POD má pomocí umělé inteligence usnadnit predikci kardiovaskulárních onemocnění souvisejících s obezitou

Konsorcium 11 partnerů z osmi zemí zahájilo 22. května na kick-off meetingu ve Vídni průlomový projekt AI-POD financovaný EU, jehož ambiciózním cílem je snížit rizika kardiovaskulárních onemocnění (KVO) u obézní populace prostřednictvím inovativních prediktivních nástrojů založených na umělé inteligenci.

V průběhu čtyř let budou odborníci z různých oblastí, včetně výzkumníků a vývojářů z oblasti radiologie a počítačového zobrazování, spolupracovat na vývoji nejmodernějšího rizikového skóre založeného na zobrazování pomocí umělé inteligence, na systému pro podporu klinického rozhodování (clinical decision support system – CDSS) a na mobilní aplikaci pro personalizované hodnocení rizik a predikci KVO souvisejících s obezitou a jejich komplikacemi.

Obezita je v Evropě naléhavým problémem, který se týká více než 436 milionů lidí. Přináší s sebou až o 50 % vyšší riziko úmrtí na KVO. Epidemie obezity má za následek ekonomickou zátěž přesahující 210 miliard eur ročně. Současné metody hodnocení rizika nejsou přitom dostatečné z hlediska přesnosti a praktického použití. Řešitelé projektu AI-POD věří, že integrací klinických, laboratorních a zobrazovacích dat bude možné získat vodítko pro diagnostické kroky a doporučení léčby.

Koordinátorkou projektu AI-POD je profesorka Ulrike Attenbergerová, ředitelka oddělení diagnostické a intervenční radiologie Univerzitní nemocnice v Bonnu (UKB), která vyjádřila své nadšení: „Díky projektu AI-POD posouváme hranice klinických poznatků v oblasti léčby kardiovaskulárních onemocnění u obézních osob. Naším cílem je vyvinout důvěryhodné nástroje umělé inteligence, které nejen podpoří klinické rozhodování, ale také umožní pacientům a ohroženým osobám lépe sledovat a řídit vlastní zdraví. Chceme tím výrazně snížit nemocnost a úmrtnost obézních osob a zároveň ulevit veřejným rozpočtům na zdravotnictví.“

Projekt AI-POD bude klinicky veden na šesti pracovištích radiologie s největšími zkušenostmi s CT vyšetřeními srdce v Německu, Švýcarsku, Belgii, Rakousku a České republice. Jedním z pracovišť je Klinika zobrazovacích metod LF a FN Plzeň (KZM), jejíž přednosta prof. Jiří Ferda je hlavním řešitelem projektu za českou stranu. Dalšími účastníky klinického výzkumu jsou pracoviště lékařských fakult v Bonnu, Mannheimu, Vídni, Lovani a Curychu. Role KZM v projektu bude hodnocení CT vyšetření srdce pomocí Photon-counting CT a to včetně kvantitativních ukazatelů postižení věnčitých tepen, prokrvení a struktury myokardu, dále pak ale i hodnocení tukové tkáně v srdci, v hrudníku nebo stavu kosterní svaloviny hrudníku.

Projekt AI-POD je připraven přinést revoluční změnu ve způsobu předvídání a zvládání KVO souvisejících s obezitou a v konečném důsledku zlepšit zdravotní stav milionů Evropanů. Tento inovativní projekt rovněž vytvoří etický rámec pro řešení potenciálních obav týkajících se nových technologií a vyhodnotí jejich přijatelnost, sociální žádoucnost a spokojenost uživatelů.

Více informací na www.ai-pod.eu.

Tento projekt byl financován z programu Evropské unie pro výzkum a inovace Horizont Evropa na základě grantové dohody č. 101080302.

Doba realizace projektu: 5/2023 – 4/2027

Celková dotace pro LFP: 308.250 €

HORUS – Casting light on HOst-cytomegaloviRUs interaction in Solid organ transplantation

Projekt HORUS (Highlighting the HOst-cytomegaloviRUs interaction in Solid organ transplantation) je evropský       výzkumný projekt financovaný Evropskou komisí (program HORIZON) zahrnující 16 partnerů v 7 evropských zemích,   vlastní klinická studie HORUS zahrnuje celkem 11 center v 5 zemích, konkrétně ve Francii, Španělsku, České     republice, Itálii a Švýcarsku. Projekt je veden univerzitní nemocnici v Bordeaux (prof. Hannah Kaminski). Plzeňské     transplantační centrum je v projektu jediné z „nových“ zemí Evropské unie.

 Hlavním cílem projektu HORUS je lépe pochopit interakce mezi virem a imunokompromitovaným pacientem po   transplantaci solidního orgánu (např. ledviny), který je infikován cytomegalovirem. Kritické je zaměření na klinickou a   imunitní odpověď na úrovni genetických charakteristik, patofyziologických mechanismů a molekulárních cest, které ovlivňují různé orgány a systémy. Výsledkem by mělo být identifikování faktorů, které predisponují pacienta k různým

klinickým symptomům, progresi virového onemocnění a celkovým důsledkům infekce. Cytomegalovirus je nejčastější virovou infekcí, které se po transplantaci solidního orgánu vyskytuje. Kromě přímých symptomů cytomegalovirové nemoci jako je např. teplota, únava a řada laboratorních abnormalit, ale rovněž závažné formy se zápalem plic, gastroenteritidou, hepatitidou nebo postihem dalších orgánů, se negativně uplatňují tzv. nepřímé dopady cytomegaloviru způsobené jeho imunomodulačními vlastnostmi. Výsledkem je vyšší riziko rejekce štěpu, kardiovaskulární komplikace, náchylnost k oportunním infekcím a další komplikace, které v souhrnu zhoršují funkci štěpu a zvyšují mortalitu pacientů. Je proto logické, že prevence a účinná léčba cytomegalovirové infekce je klíčovou součástí  péče o pacienta po transplantaci.

Plzeňské transplantační centrum bylo do projektu vyzváno na základě dlouholeté výzkumné činnosti v dané problematice, především v oblasti prevence cytomegalovirové infekce po transplantaci ledviny. Součástí bylo provedení několika nezávislých randomizovaných studií publikovaných v prestižních časopisech a především zahrnutých do mezinárodních doporučení (The Transplantation Society), na jejichž tvorbě jsme se mohli podílet. Naše centrum se bude podílet na tvorbě evropské kohorty pacientů po transplantaci, jejich klinickém sledování a vytvoření biobanky s následnou analýzou biologických a imunologických vlastností, genové exprese, virové kinetiky a detailní charakteristikou virového genomu. Z pohledu LF v Plzni a Biomedicínského centra jde o zapojení do velmi významného výzkumného projektu, který nám umožní dále rozvíjet výzkum infekčních nemocí a prohloubí spolupráci s excelentními pracovišti v Evropě.

Na tomto odkazu jsou oficiální webové stránky projektu HORUS.

Období realizace projektu: 11/2022 – 10/2027. Dotace je ve výši 121 375 €.

Tento projekt je financován z programu Evropské unie Horizont Evropa, č. grantové smlouvy 101057651.

Program NPO – EXCELES

Lékařská fakulta v Plzni se stala součástí tří projektů programu EXCELES, které jsou financovány z dotace Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy. Program se zaměřuje na podporu excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví. Program EXCELES je financován z prostředků Evropské unie prostřednictvím Nástroje pro oživení a odolnost.

Projekt: Národní institut virologie a bakteriologie (NIVB)

Reg. č. projektu:  LX22NPO5103

Národní institut virologie a bakteriologie (NIVB) si klade za cíl přinášet objevy v oblasti infekčních chorob, které zlepší lidské zdraví, vyvíjet bezpečné a účinné antivirové a antibakteriální léčebné postupy a připravovat platformy pro budoucí objevování a vývoj léčiv proti virům a bakteriím s pandemickým potenciálem.

Navzdory desetiletím výzkumu není stále k dispozici očkování a léčba proti mnoha infekčním chorobám. Význam a naléhavou potřebu nových léčebných prostředků dokládají negativní zdravotní a ekonomické dopady infekčních onemocnění. Vývoj nových terapeutik vyžaduje základní pochopení mechanismů, které umožňují patogenům infikovat buňky a způsobit onemocnění, z nichž mnohé jsou stále nedostatečně prozkoumány. Základní a klinický výzkum virů a patogenních bakterií je nezbytný pro lepší pochopení a vývoj terapeutických reakcí na procesy, kterými patogeny způsobují onemocnění, jak unikají imunitnímu systému a jak odolávají léčbě.

NIVB proto usiluje o špičkový výzkum v oblastech: (1) interakcí mezi patogeny a hostiteli, (2) imunity proti virům a bakteriím a (3) léčby virových a bakteriálních infekcí. Díky práci s patogeny, které jsou relevantní pro současnou klinickou praxi, a také s nově se objevujícími viry a bakteriemi budou výzkumné skupiny institutu schopny poskytnout odborné znalosti a vybavení pro studium nových patogenů, které by se v budoucnu mohly rozšířit mezi lidskou populaci. NIVB se tak v tomto ohledu stane národní autoritou a znalostním partnerem pro orgány veřejné správy.

Doba trvání projektu: 2022 – 2025

Příjemce dotace: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR

Partneři: Biologické centrum AV ČR, v. v. i., Masarykova univerzita, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

Národní ústav pro výzkum rakoviny (NÚVR)

Reg. č. projektu: LX22NPO5102

Cílem projektu je vytvoření celorepublikové sítě spolupracujících pracovišť provádějících špičkový výzkum v oblasti onkologie, která bude mít podobu tzv. „Národního ústavu“. Důvodem vzniku této autority je ten, že výzkum v oblasti onkologie není v současné době nijak koordinován a je roztříštěn na jednotlivých institucích.

Ustanovení Národního ústavu pro výzkum rakoviny bude znamenat propojení špičkové vědecké expertízy, terciárního vzdělávání a relevantních medicínsko/zdravotnických informačních zdrojů. Tematická komplementarita jednotlivých pracovišť v rámci Národního ústavu pro výzkum rakoviny umožní komplexnost přístupu nezbytnou pro moderní onkologický výzkum, koncentraci na prioritní oblasti lékařského vzdělávání a výzkumu České republiky. Onkologický výzkum se tímto stane mnohem více koordinovatelný, strategičtější a efektivnější.

Doba trvání projektu: 2022 – 2025

Příjemce dotace: Univerzita Karlova

Partneři: Biologické centrum AV ČR, v. v. i., Masarykova univerzita, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Vysoká škola chemicko-technologická v Praze Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., Masarykův onkologický ústav, Masarykova univerzita, Univerzita Palackého v Olomouci, Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i., Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i., Ústav fotoniky a elektroniky AV ČR, v. v. i., Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i., Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, , v. v. i.

Národní ústav pro neurologický výzkum (NPO-NEURO-D)

Reg. č. projektu: LX22NPO5107

Ústředním cílem projektu je propojení excelentních výzkumných týmů s podobným zaměřením zejména napříč univerzitami a akademií věd, maximálně využít jejich unikátní expertizu, podpořit efektivní využití stávajících kohort a již nabraných dat a umožnit specializovaným výzkumným laboratořím provádět hodnocení dat tak, aby se práce soustředila do těchto centrálních laboratoří a neprováděla se na více místech naráz.

Tento cíl vyžaduje zřízení nové národní autority – Národního ústavu pro neurologický výzkum (NÚNV), jehož hlavním posláním bude systematické vyhledávání průlomových poznatků o mozku a nervovém systému s cílem je programově využívat ke snižování zátěže neurologických onemocnění a ke zlepšení kvality života postižené populace. Výzkum se zaměří zejména na neurodegenerativní onemocnění, tj. například Parkinsonovu nemoc a demence, částečně také na COVID-19 a jeho dopady na neurodegenerace.

Doba trvání projektu: 2022 – 2025

Příjemce dotace: Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně

Partneři: Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., České vysoké učení technické v Praze, Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i., Masarykova univerzita, Ostravská univerzita, Univerzita Karlova, Univerzita Palackého v Olomouci, Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i., Ústav přístrojové techniky AV ČR, v. v. i., Vysoké učení technické v Brně

Hands-on-training projektu ARICE v Plzni

V rámci projektu ARICE (Twinning for the Armenian Research Infrastructure on Cancer Research, twinning projekt rámcového programu Evropské Unie Horizont 2020, www.arice.am) se v Plzni ve dnech 15. – 17. června 2022 konal první společný „Hands-on -training se zaměřením na pokročilou patologii pro biobanky a metody v biobankách“.

První společné setkání partnerů projektu, jimiž jsou Jerevanská státní lékařská univerzita (Yerevan State Medical University) v roli koordinátora a partneři Mezinárodní Agentura pro výzkum nádorových onemocnění (International Agency for Research on Cancer), Lékařská Univerzita v Grazu (Medical University on Graz) a za Univerzitu Karlovu Lékařská fakulta v Plzni, bylo vzhledem k pandemické situaci v Evropě výrazně opožděno a zároveň otevřelo sérii partnerských školení a výměn odborníků v ostatních partnerských institucích. Celkem se zúčastnilo 6 zahraničních partnerů, z každé instituce dva.

Slavnostního zahájení se zúčastnil děkan Lékařské fakulty v Plzni prof. Jindřich Fínek a za Fakultní nemocnici Plzeň náměstek pro vědu a výzkum prof. Ondřej Topolčan.

Třídenní program byl zahájen na půdě Laboratoře speciální diagnostiky ústavu patologie, představením laboratoří a úvodní přednáškou prof. Ondřeje Hese „Histopatologická klasifikace nádorů urogenitálního traktu”. Odpolední program byl věnován přednáškám vztahujícím se k problematice studované na Oddělení imunochemické diagnostiky a zahájil jej prof. Ondřej Topolčan přednáškou „Význam biomarkerů pro diagnostiku, follow-up, monitoraci a optimalizaci léčby”. Následoval příspěvek MUDr. Šárky Svobodové „Metabolický syndrom jako rizikový faktor pro vznik a vývoj nádorových onemocnění” a blok uzavřel prof. O. Topolčan přednáškou k aktuální problematice významu vitamínu D pro zdraví a v nemoci „Karcinogeneze a vitamin D”.

Druhý den byl rozdělen na program biobank a statistických metod a program možnosti zapojení do projektů rámcového programu Horizont Evropa a dalších forem mezinárodní spolupráce. RNDr. Marie Karlíková provedla delegáty Biobankou FN Plzeň a seznámila se zapojením biobanky do národního uzlu biobank v rámci evropské infrastruktury biobank BBMRI.cz (Biobank and Biomolecular Resources Research Infrastructure). Doc. Ladislav Pecen představil základní biostatistické softwarové přístupy užívané při optimalizaci monitorace onemocnění a optimalizace léčby, konkrétně programy Bianta a Cractes.

Horizont Evropa je největší komunitární program EU pro vědu výzkum a inovace a pokračování stávající spolupráce v navazujícím projektu tohoto nebo jiného programu byly součástí odpolední konstruktivní diskuse a projektové schůzky. Hledala se vhodná témata, formy budoucí spolupráce i zapojení dalších partnerů nejen institucí, ale i infrastruktur jako BBMRI-ERIC nebo ESBB (European, Middle-Eastern and African Society for Biopreservation and Biobanking), zapojení do projektů nově vzniklé biomedicínské iniciativy, IHI (Innovative Health Initiative), apod. V diskusi byly zmíněny zkušenosti a kontakty partnerských institucí a možnosti jejich využití. Naplánována byla další pracovní setkání, v září na Univerzitě v Grazu, v prosinci v mezinárodní Agentuře pro výzkum nádorových onemocnění v Lyonu a v roce 2023 ve Státní Univerzitě v Jerevanu.

Poslední den delegáti navštívili Ústav biologie Lékařské fakulty v Plzni a její Biomedicínské centrum. Doc. Martin Pešta provedl návštěvníky laboratořemi molekulární biologie a přednesl příspěvek věnovaný pokročilým metodám molekulární biologie v diagnostice nádorových onemocnění. Ing. Jiří Polívka jr. v obsáhlé přednášce prezentoval spolupráci s laboratoří na výzkumu cirkulujících nádorových buněk ve vztahu k progresi nádoru. Biomedicínským centrem provedl účastníky jeho vědecký ředitel prof. Milan Štengl.

Celý “training” program byl precizně připraven, na vysoké odborné úrovni, dostatečně pestrý a podle názorů zahraničních účastníků všichni přednášející prezentovali to nejlepší za své specializace. Po komplikacích minulých let, zapříčiněných pandemickou situací, jsme velmi ocenili osobní a zejména neformální setkání, která se nedají nahradit hodinami strávenými u on-line meetingů a seminářů. Diskuse a sdílení zkušeností se všemi účastníky byly velmi otevřené, věcné, konstruktivní a obohacující a díky nim i následná spolupráce bude jednodušší. S trochou nadsázky lze říci, že nejsme již jen “papíroví” partneři projektu, ale také přátelé. Do koncového roku projektu, roku 2023, hledíme s optimismem, zejména, když jsme se přesvědčili, že jsme dobré konsorcium, které udělá maximum pro úspěšný průběh projektu a dosažení plánovaných cílů.

“This project has been funded with support from the European Commission Research Executive Agency: Grant Agreement Number 952417-ARICE

Aplikace moderních technologií v medicíně a průmyslu

Reg. č. CZ.02.1.01/0.0/0.0/17_048/0007280

V rámci projektu bude vytvořen matematicko-experimentální model prokrvení orgánů, který umožní další rozvoj klinicky aplikovatelného softwaru s vytvořením referenčních modelů (perfúze, regenerace, hemodynamika) adaptovatelných na konkrétní pacienty včetně citlivostní analýzy a identifikace parametrů v návaznosti na klinická vyšetření. Tím se zpřesní diagnostika pacienta a zrychlí se rozhodování lékaře o léčebném postupu (chirurgický zákrok, konzervativní léčba atd.). Dojde k vyvinutí metodiky modelování rizikových hemodynamických stavů a implementace klinických dat v simulacích proudění krve (personalizace modelů).

Cíle projektu:

  • získat podrobný a přesný popis mikrostruktury tkání (orgánů) a kvantifikovat mechanické vlastnosti tkání (modul pružnosti, mezní napětí, deformace). Určení korelace mezi mechanickou odezvou tkáně a její mikrostrukturou, tj. vytvoření komplexního popisu chování tkáně propojující pohled z makro- a mikroskopického hlediska.
  • zpřesnění virtuálního modelu člověka na bázi multi-body systémů a konečných prvků. Významným přínosem je zpřesnění škálování modelu z hlediska základních antropometrických parametrů (párování částí těla s ochrannými a protetickými pomůckami). Společenským přínosem projektu je zlepšení kvality klinické praxe v oblasti rehabilitace a snížení rizika poranění člověka při extrémním zatížení.
  • v rámci projektu bude vyvinut prototyp integrovaného interoperabilního systému pro přenos a zpracování medicínských dat, který umožní vytvořit rozsáhlou prospektivní databázi komplexních dat a znalostí. Na základě těchto rozsáhlých dat bude možno uskutečnit celé spektrum metod dataminingu k získání nových znalostí a obohacení možností současné klinické diagnostiky.

Doba trvání projektu: 05/2018 – 10/2022

Výzkumný projekt je řešen ve spolupráci Západočeské univerzity v Plzni (ZČU) a Univerzity Karlovy, Lékařské fakulty v Plzni (LFP). Za ZČU vstupují do projektu dvě její součásti, a to FAV s výzkumným centrem NTIS a výzkumné centrum NTC. Hlavním úkolem naší lékařské fakulty je zapojení experimentálního týmu, který se dlouhodobě zabývá regenerací jaterní tkáně. Projekt navazuje na několik předchozích velkých projektů, které byly řešeny ve spolupráci se Západočeskou univerzitou, a dále je rozvíjí. Velkým zlomem bude i možnost používání experimentálního CT přístroje pro práci s velkými zvířaty. Ten bude pořízen z prostředků uvedeného projektu.

Projekt AMTMI je financovaný Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy z operačního programu EU Výzkum, vývoj a vzdělávání v rámci výzvy Předaplikační výzkum pro ITI Plzeňské metropolitní oblasti.

Odkaz na stránky projektu partnerské instituce (ZČU).

Identifikace farmakogenomických biomarkerů pomocí celoexomového sekvenování

Kolorektální karcinom je jedním z nejčastěji se vyskytujících nádorů a léčba pacientů s tímto onemocněním představuje významný socioekonomický problém. I malé zlepšení situace v onkologickém managementu pacientů a prodloužení jejich přežívání bude mít multiplikační globální přínos. Jednou z možností jak snížit úmrtnosti na toto a jiná nádorová onemocnění je identifikace molekulárních faktorů usnadňujících nasazení optimální léčby. Naše laboratoře (Laboratoř farmakogenomiky a Laboratoř nádorové léčby a regenerace tkáně) se v roce 2018 staly členy mezinárodního konsorcia TRANSCOLONCAN a partnery Akce COST CA17118. Hlavním cílem tohoto EU projektu je velmi komplexní přístup k molekulární biologii kolorektálního karcinomu a jedním z cílů je i farmakogenomické profilování pacientů.

Během působení našich laboratoří v tomto konsorciu a v rámci řešení projektu, který je financován MŠMT, máme za cíl vytvořit první databázi genetických variant a genů (biomarkerů), spojených s prognózou a odpovědí na terapii pacientů s nádory kolorekta v ČR. Prostudujeme význam zárodečné a somatické variability na úrovni exomu pro prognózu a odpověď pacientů na léčbu. V první fázi bude získán zcela unikátní soubor exomových dat pro 100 českých pacientů a použit k vyhodnocení faktorů dobré i špatné léčebné odpovědi. V tomto vyhodnocení budou partneři Akce, např. Dr. David Hughes, se kterým více než 10 let spolupracujeme, hrát významnou úlohu. Biomarkery, které budou významně korelovat s léčebnou odpovědí, budou následně použity k validační studii na větší skupině českých pacientů a na dalších skupinách pacientů, dostupných od partnerů Akce, léčených a sledovaných srovnatelným způsobem. Takto validované biomarkery budou pak poskytnuty partnerům pro funkční analýzy dle zásad medicíny založené na důkazu.

Řešení projektu rovněž poskytne klinicky validovaný bioinformatický postup pro zpracování farmakogenomicky významných variant a genů. Celý postup exomového sekvenování bude harmonizován s ostatními laboratořemi Akce, čímž dojde k minimalizaci rizik spojených s řešením projektu jak v oblasti technologické, tak interpretační. Těsné sepjetí akademických i klinických pracovníků navrhovatelského pracoviště bude výhodou pro klinickou validitu výsledků a potenciální aplikace v medicínské praxi. Hlavním výstupem projektu budou odborné publikace a prezentace.

Organizace řešitele:        Univerzita Karlova, Lékařská fakulta v Plzni (Biomedicínské centrum)

Jméno řešitele:               doc. RNDr. Pavel Souček, CSc.

Doba řešení projektu:     1. 6. 2019 – 30. 9. 2022

Financováno MŠMT – Program výzkumu, vývoje a inovací na podporu mezinárodní spolupráce ve výzkumu a vývoji, INTER-EXCELLENCE, podprogram INTER-COST

16 měsíců od začátku projektu ARICE

Projekt ARICE (Twinning for the Armenian Research Infrastructure on Cancer Research) je projektem evropského programu Horizont 2020, konkrétně specifického nástroje Twinning pro podporu vědeckého rozvoje partnerů mimo Evropskou unii s využitím znalostí a zkušeností špičkových evropských pracovišť. V projektu ARICE je neevropským partnerem Jerevanská státní lékařská univerzita (YSMU, Arménie) a dalšími – expertními – partnery jsou Lékařská univerzita v Grazu (Rakousko), Mezinárodní agentura pro výzkum rakoviny (IARC, Francie) a Lékařská fakulta v Plzni, Univerzity Karlovy.

Cílem projektu je podpořit a pomoci vybudovat vědecky a technologicky silnou infrastrukturu pro genetický výzkum nádorových onemocnění, která jsou významnou hrozbou, co se týká incidence a úmrtí arménské populace. K tomu bude sloužit mimo jiné nově zřízená cíleně zaměřená kolekce biologického materiálu, kde budou využity zkušenosti partnerů projektu. Nástroji k uskutečnění těchto ambiciózních cílů jsou návštěvy a výměny vědeckých pracovníků, on-line výukové kurzy, letní škola a laboratorní kurzy, přednášky apod.

Začátek projektu (září 2020) byl poznamenán dopady pandemie COVID-19 a válečnou situací v Arménii. Přesto se podařilo dosáhnout významných úspěchů: vytvoření „cestovní mapy“ národního výzkumu nádorových onemocnění k dosažení excelence v Arménii, zpracování a implementace 70 standardních operačních postupů (SOPs) v YSMU, vytvoření a přijetí národních genetických a molekulárně patologických diagnostických postupů v onkologii, byly připraveny k publikaci dvě vědecké práce, proběhl jeden výukový kurz a dva virtuální školící webináře. V rámci rozšiřování mezinárodní spolupráce byly navázány nové kontakty s partnery působící v oblasti preklinického a klinického výzkumu nádorových onemocnění. Významným úkolem projektu je transfer technologií a získaných zkušeností nejen mezi partnery, ale také mezi dalšími výzkumnými organizacemi v Arménii. Za tím účelem byl připraven on-line výukový program o biobankách a výzkumu nádorových onemocnění, který proběhl v dubnu 2021. Plánovaná školení týkající se managementu genetických dat a modelování, příprava vědeckých publikací a prezentací nemohla být kvůli pandemické situaci realizována v plánovaných termínech, proto byla nahrazena on-line webináři na téma „risk management v biobankách“ a „strategie a náklady biobank“ v roce 2021.

Čím přispěla LF Plzeň do projektu ARICE v reportovaném období?

LF Plzeň je významně zapojena do pracovního balíčku zaměřeného na přípravu projektu do rámcových programů jako jsou Horizont 2020 a nyní probíhající Horizont Evropa. Za tímto účelem bylo připraveno 7 prezentací k vybraným základním problémům úspěšné přípravy návrhu projektu. Prezentace byly zaměřeny na základní informace o největším komunitárním programu EU pro výzkum a inovace na roky 2021-2027, vyhledávání vhodných témat projektů, partnerů do projektů a to jak na národní tak mezinárodní úrovni, zhodnocení zkušeností dobré praxe při přípravě návrhů projektů, jak jsou projekty hodnoceny, jak vhodně nastavit diseminaci, komunikaci a využití výsledků projektů, a horizontální témata týkající se etických aspektů projektů, open access přístupu k informacím, datům a publikacím a genderové otázky.

LFP přispěla v rámci balíčku standardních operačních postupů 10 SOPs nádorových markerů společně s prezentací o významu a využití nádorových biomarkerů ve výzkumu a praxi a vlastními zkušenostmi.

Dalším úkolem reportovaného období byla návštěva Plzeňské biobanky, laboratoří imunoanalytické diagnostiky a patologie spojená se školením a praktickými cvičeními. Byly připraveny výukové a výkladové prezentace, navrženo vytvoření cloudového úložiště, kde by byly skladovány materiály s otevřeným přístupem pro všechny partnery projektu, a jak jen to bude možné tuto zahraniční návštěvu realizovat.

Posledním úkolem bylo vytvoření schématu pro výzkum vybraných nádorových problematik. Mezi okruhy témat, jež jsou zpracovávána jsou kancerogeneze a metastázování, hormony a onkogeneze, význam vitamínu D a jeho role v onkogenezi, chronický zánět a jeho vliv na onkogenezi. Dalším okruhem témat jsou biomarkery a jejich význam v onkologii, programy na jejich vyhodnocení, multioborový přístup k diagnostice nádorů prostaty, multioborový přístup k nádorům plic.

V diseminačních aktivitách přispěli členové týmu projektu třemi prezentacemi na národní úrovni, tiskovou zprávou a zveřejněním základních informací na webových stránkách jak LFP, tak FN Plzeň.

Jaké jsou přínosy pro lékařskou fakultu Plzeň zapojením do mezinárodního projektu ARICE?

Zapojením do mezinárodního projektu získali vědečtí pracovníci LF Plzeň přístup k velkým souborům vzorků a dat ze zemí s vysokou incidencí vzácných nádorových onemocnění, a možnost zapojení do přípravy a realizací nových výzkumných témat.

Zapojením do projektu se otevírají nové možnosti širších mezinárodních spoluprací, který je i součástí projektu. V rámci rozšiřování mezinárodních spoluprací je připraven navazující projekt partnerů ARICE a Kalifornské univerzity v Los Angeles (USA) a Národním výzkumným radiologickým centrem Ministerstva zdraví Ruska zaměřený na výzkum a kontrolu nádorových onemocnění v Arménii.

Závěrem

Začátek projektu byl významně poznamenán dvěma faktory, pandemií a válečným stavem v Arménii. Oba faktory zásadně zasáhly do průběhu projektu, v důsledku čehož byly ty aktivity, kde to bylo možné přesunuty do on-line prostoru, byla omezená komunikace mezi partnery a zcela nemožné byly výměny vědeckých pracovníků, pedagogů a studentů, hand-on cvičení apod. Přesto se, jak z výše uvedeného vyplývá dařilo v rámci možností plnit úkoly projektu. Veškeré změny a úpravy byly konzultovány s Evropskou komisí, která umožnila přesun některých aktivit, zejména osobních setkání, workshopů a školení do pozdějších fází projektu počínaje dubnem 2022, až to bude jak z hlediska pandemie, tak válečného stavu v Arménii možné. Evropská komise v předběžném hodnocení nedoporučila změny ve struktuře projektu ani v rozpočtu, či přesunu jednotlivých typů nákladů. Před konsorciem projektu je ještě mnoho úkolů, ale věříme, že se mezinárodní i vnitropolitická situace zlepší natolik, aby mohly proběhnout ty úkoly projektu, které jsou založeny na osobních kontaktech a setkáních, protože právě ty jsou základem pro jakoukoliv plnohodnotnou a přínosnou spolupráci.

ERA Chair Position for Excellent Research in Oncology — Chaperon

Největším a nejvýznamnějším programem pro financování vědy, výzkumu a inovací na evropské úrovni v letech 2014-2020 je „Horizont 2020 – rámcový program pro výzkum a inovace“ (H2020). Program má směřovat podporu tak, aby napomohla rychle a efektivně řešit problémy současnosti, zabezpečit dlouhodobý udržitelný růst a zajistit konkurenceschopnost Evropy. Nabízí široké spektrum nástrojů pro všechny typy účastníků od začínajících vědců přes výzkumné instituce, podniky až po neziskové organizace. Zaměřuje se na podporu inovací, klade důraz na jejich propojení s výzkumem a na vytváření podnikatelských příležitostí.

Jedním z dílčích cílů programu je napomoci překonání současných nemalých rozdílů mezi členskými státy či regiony v rozvoji a využití výzkumného a inovačního potenciálu. Tím program přispívá k rovnoměrnějšímu šíření excelentního výzkumu v Evropském výzkumném prostoru. S tím je v souladu i myšlenka projektů „ERA Chairs“ přivést na univerzity a výzkumné instituce vynikající vědce a tak těmto institucím pomoci k zásadnímu kvalitativnímu posunu. Působení těchto projektů by mělo probíhat ve dvou rovinách – přítomnost špičkového výzkumníka umožní jednak přilákat, udržet a zvýšit kvalitu lidských zdrojů, a jednak provést v instituci strukturální změny nezbytné k dosažení excelence.

V jedné z výzev ERA Chairs uspělo i Biomedicínské centrum Lékařské fakulty v Plzni, a to jako jeden ze zatím pouhých čtyř úspěšných žadatelů v České republice. Bude tak moci pozvat do svých řad špičkového světového výzkumníka v rámci projektu CHAPERON – ERA Chair Position for Excellent Research in Oncology Jak už název projektu napovídá, volba tématu padla na oblast výzkumu rakoviny; nejen proto, že je v našem regionu velkou prioritou – Plzeňský kraj vykazuje vysoký výskyt různých nádorů, včetně karcinomů tlustého střeva, ledvin nebo močového měchýře – ale i v návaznosti na současné zaměření centra, v němž v současné době pracuje několik vysoce kvalitních výzkumných týmů zaměřených právě na rakovinu.

Výzkumníkovi, který do centra díky grantu ERA Chair začátkem roku 2020 přijde, bude umožněno založit zde novou Laboratoř translační genomiky nádorových onemocnění a sestavit v ní vlastní vědecký tým. Smyslem projektu je přinést do centra světovou úroveň know-how a významně doplnit již existující výzkumné týmy centra. Zkušenosti tohoto vědce coby manažera výzkumu pak dále pomohou zlepšit i kvalitu manažerských struktur a procesů ve výzkumu, a to nejen v Biomedicínském centru, ale i na dalších úrovních fakulty a univerzity.

WEB CHAPERON

 Tento projekt je financován z programu Evropské unie Horizont 2020, č. grantové smlouvy 856620

Centrum výzkumu infekčních onemocnění – FIND

Odborným cílem projektu je komplexní rozvoj studia infekčních onemocnění v Biomedicínském centru Lékařské fakulty UK v Plzni. Tato onemocnění patří mezi základní problémy medicíny. Týmy Biomedicínského centra se dlouhodobě specializují na vybranou problematiku infekčních onemocnění, a to především na patofyziologii sepse s možností jejího ovlivnění, cytomegalovirové infekce u pacientů s transplantovanou ledvinou a problematikou molekulární epidemiologie antibiotické rezistence, včetně vývoje nových diagnostických metod.

Unikátnost předkládaného projektu je v komplexním přístupu k problematice infekčních onemocnění. Projekt navazuje na témata výzkumu, se kterými  mají pracovníci Biomedicínského centra dlouhodobé zkušenosti, dále je rozvíjí a přináší zcela nové aspekty v jejich řešení.

V rámci výzkumu budou studovány mechanismy poškození životně důležitých orgánů během sepse. Bude studována etiopatogeneze těchto poškození, vývoj nových a zdokonalení stávajících preventivních, diagnostických a terapeutických opatření. V této oblasti se projekt komplexně zaměřuje na orgánové poškození způsobené na základě infekční etiologie, (tj. během sepse a multiorgánové dysfunkce), bakteriální rezistence k antibiotikům, či úlohu kardiovaskulárního systému v etiopatogenezi infekčních onemocnění. Specifickým tématem bude rovněž výzkum poškození centrálního nervového systému během sepse. Dále budou vyvíjeny nové metody pro rychlou detekci původců infekce – tento výzkum se opět vyznačuje vysokým translačním potenciálem. Dalším cílem projektu bude multidisciplinární rozvoj spolupráce se zahraničními vědeckými institucemi a širší internacionalizace Biomedicínského centra.

Výzkumné cíle projektu:

Centrálním cílem celého programu a projektu je hlubší poznání patofyziologických mechanismů infekčních onemocnění a na základě nových poznatků zdokonalení stávajících terapeutických, diagnostických a preventivních opatření. V rámci tohoto centrálního motivu lze definovat následující dílčí výzkumné aktivity, jejich cíle, milníky a výstupy.

Doba trvání projektu: 01/2018 – 09/2022

LF UK v Plzni je hlavním (a jediným) řešitelem projektu.

Tento projekt je spolufinancován EU.

Centrum výzkumu infekčních onemocnění – FIND

Reg. č. projektu CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000787

Přehled všech realizovaných projektů na LFP UK