První sekvenátor DNA třetí generace v ČR je v Biomedicínském centru v Plzni
15. 5. 2018
Biomedicínské centrum Lékařské fakulty v Plzni Univerzity Karlovy získalo do svého přístrojového vybavení sekvenátor nukleových kyselin třetí generace. Ten umožňuje, na rozdíl od běžných sekvenátorů používaných k analýzám DNA, „číst“ dlouhé fragmenty nukleových kyselin s velmi vysokou přesností. Dosud běžně používané techniky pracují na principu náhodného „nasekání“ analyzované DNA na malé útržky, dlouhé 50 až přibližně 600 párů bází (přičemž např. lidská DNA se skládá z více než tří miliard párů). Sekvence těchto fragmentů jsou následně skládány pro vytvoření celého sekvenovaného řetězce DNA. Fragmentací, „roztrháním“ DNA na takto malé části však může docházet ke ztrátě některých oblastí DNA.
Nový přístroj Sequel od americké firmy PacBio umožňuje sekvenovat velmi dlouhé fragmenty, dokonce větší než 50 tisíc párů bází. Tím lze zaručit, že se žádná část genetické informace neztratí a odpadnou složité analýzy získaných dat. Přestože se jedná o poměrně drahé zařízení, jednotlivé analýzy jsou pak již velmi levné. Například sekvenace lidského genomu stojí mezi 1 500 – 2 000 dolarů, zatímco při historicky prvních sekvenacích lidského genomu byla potřebná částka přibližně 3 miliardy dolarů. Obdobně je tomu u bakterií, u nichž se touto technologií pohybujeme okolo 10 – 20 dolarů za jeden bakteriální genom. Takto nízká cena byla ještě před několika málo lety nepředstavitelná. Další velkou výhodou je i rychlost celé analýzy, která trvá pouze několik hodin.
Nový přístroj bude využit především v oblasti studia šíření antibiotické rezistence. Získané informace umožní výzkumníkům velmi detailně pochopit proces, kterým se u bakterií šíří genetické mutace, zodpovědné za odolnost bakterií na antibiotika. Dalšími dílčími projekty bude i sledování šíření původce tuberkulózy, Mycobacterium tuberculosis a některých virů. I v oblasti lidské genetiky jsou v současnosti připravovány další projekty, a to především v oblasti nádorové biologie.
Biomedicínské centrum LF UK v Plzni je prvním pracovištěm v ČR, kde bylo takovéto zařízení instalováno. V rámci společných projektů ho využijí i další výzkumné instituce a univerzity, které obdobný přístroj jinak zatím nemají k dispozici. Pořizovací cena zařízení byla 12 mil Kč a Lékařská fakulta UK v Plzni na něj získala prostředky z Evropských strukturálních fondů v rámci Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání. Konkrétní projekt má název “Investiční podpora experimentálních oborů u nově akreditovaných doktorských studijních programů na LF UK v Plzni“.
